El tomillo es parte fundamental del Bouquet garni, un ramillete de especias (tomillo, perejil y laurel entre otros) muy usado en recetas francesas durante la cocción y extraído al servir. también es usado en la hierbas de provence y en platos típicos como la Sopa de Farigola catalana, los adobos de carne extremeños, los aliños andaluces o en la cocina caribeña.
Se utiliza en salsas y aliños ya sean de base en aceite de oliva, vinagre o tomate, combinando muy bien con pescados a la plancha y carnes de caza como el conejo, la liebre o la codorniz así como con otras carnes como el cordero, el buey o el pollo asado.
Los usos más populares del tomillo son aquellos relacionados con la digestión y el sistema respiratorio, en especial de la parte alta. Ello es debido a las propiedades carminativas y supoder para reducir gases y aerofagias en el primer caso, y por sus propiedades antisépticas, expectorantes y mucolíticas en el segundo.